Madrasah Aliyah (MA) Al Ma’had An Nur didirikan pada 22 Oktober 1996 dan berada di bawah naungan Yayasan Al Ma’had An Nur. Madrasah ini berlokasi menyatu dengan kompleks Pondok Pesantren An Nur di Ngrukem, Pendowoharjo, Sewon, Bantul, Daerah Istimewa Yogyakarta, yang didirikan dan diasuh oleh K.H. Nawawi Abdul Aziz.

Keberadaan MA Al Ma’had An Nur merupakan bentuk respons atas tingginya minat dan kebutuhan masyarakat, khususnya agar para santri yang telah menyelesaikan pendidikan SMP/MTs dapat melanjutkan pendidikan formal di jenjang Madrasah Aliyah. Oleh karena itu, MA Al Ma’had An Nur hadir sebagai lembaga pendidikan formal yang terintegrasi dengan sistem pesantren. Kurikulum yang diterapkan di MA Al Ma’had An Nur mengintegrasikan kurikulum pesantren dan Kementerian Agama dengan tetap menjaga nilai-nilai dan karakter kepesantrenan.

Ciri khas pendidikan madrasah ini terletak pada penguatan Tahfidz Al-Qur’an dan pengkajian kitab kuning, sehingga diharapkan mampu melahirkan generasi yang berilmu, berwawasan kebangsaan, berakhlak religius, serta bertakwa kepada Tuhan Yang Maha Esa.Guna menunjang kenyamanan dan efektivitas proses belajar, Yayasan An Nur Bantul menyediakan sarana asrama yang memadai dan representatif bagi para santri/siswa. Dengan fasilitas tersebut, lingkungan belajar dan kegiatan keagamaan dapat berlangsung secara kondusif dan berkesinambungan.