Kegiatan Pramuka di Madrasah Aliyah Al Ma’had An Nur Bantul bertujuan untuk membentuk peserta didik yang memiliki karakter disiplin, mandiri, bertanggung jawab, tangguh, serta memiliki kepedulian terhadap sesama dan lingkungan. Sebagai madrasah yang berbasis tahfidz Al-Qur’an, kegiatan Pramuka juga diarahkan untuk memperkuat pembentukan akhlak dan kepribadian peserta didik sehingga selaras dengan nilai-nilai keislaman dan budaya pesantren.